Depois da derrota dos browncoats ("casacos marrons" ou "independentes", como também é conhecida a Facção Independente) na Guerra da Unificação (que começou em 2506 e terminou em 2511), a Aliança ganhou força e continuou a dominar todos os planetas e luas do Universo.
Porém, após a revelação da origem dos Reavers pela famosa tripulação da nave Serenity do Cap. Malcolm Reynolds, em 2517, o cenário mudou: a população de todo o Universo ficou revoltada e uma nova guerra foi iniciada contra a Aliança. Entretanto, dessa vez, durou pouco menos de um ano até que o governo interplanetário fosse derrotado em 2518. O caos dominou. Planetas e luas agora eram governados internamente. Cada um deles passou a ter suas próprias leis, muitas vezes impostas por membros e habitantes influentes que aproveitaram o momento para se promover. Muitos satélites entraram oficialmente em guerra interna e o Universo estava sob estado de anarquia.
Alguns desses "governantes" queriam conquistar mais espaço e, quem sabe, conseguir tomar o lugar que um dia foi da Aliança, dominando e controlando todo o Sistema Planetário. Assim sendo, várias "uniões" começaram a aparecer e lutar entre si na corrida pela posse do Universo.
A tripulação da Serenity ficou famosa e é adorada pela maior parte da população universal. Eles conquistaram muitos fãs, mas mesmo quem não gosta deles conhece os nomes dos "heróis" que arriscaram suas vidas para desmascarar o Parlamento.
O momento atual do jogo é esse. O ano é 2522, quase cinco anos depois da "Explosão do Pax", como ficou conhecido o estopim da Guerra da Desunificação. O Universo ainda não possui um governo central que comanda tudo, mas existem pelo menos dez Uniões (que são como partidos políticos) disputando territórios e tentando se tornar "a nova Aliança".
Os Reavers ainda assombram a população, mas agora um pouco menos do que antes. Após a revelação da sua origem, foram criados muitos grupos de "caçadores de Reavers" que conseguiram eliminar uma boa parte das naves e zumbis, mas obviamente não conseguiram extingui-los.
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